در واقع اختلافات سیاسى بین امویان و عباسیان و تقسیم شدن اسلام به فرقههاى مختلفو ظهور عقاید مادى و نفوذ فلسفه یونان در کشورهاى اسلامى، موجب پیدایش یک نهضت علمى شد. نهضتى که پایههاى آن بر حقایق مسلم استوار بود. چنین نهضتى لازم بود، تا هم حقایق دینى را از میان خرافات و موهومات و احادیث جعلى بیرون کشد و هم در برابر زندیقها و مادیها با نیروى منطق و قدرت استدلال مقاومت کند و آراى سست آنها را محکوم سازد. گفتوگوهاى علمى و مناظرات آن حضرت با افراد دهرى و مادى مانند «ابن ابى العوجاء» و «ابو شاکر دیصانى» و حتى «ابن مقفع» معروف است.
به وجود آمدن چنین نهضت علمى در محیط آشفته و تاریک آن عصر، کار هر کسى نبود، فقط کسى شایسته این مقام بزرگ بود که مأموریت الهى داشته باشد و از جانب خداوند پشتیبانى شود، تا بتواند به نیروى الهام و پاکى نفس و تقوا وجود خود را به مبدأ غیب ارتباط دهد، حقایق علمى را از دریاى بیکران علم الهى به دست آورد، و در دسترس استفاده گوهرشناسان حقیقت قرار دهد.
تنها وجود گرامى حضرت صادق (ع) مىتوانست چنین مقامى داشته باشد، تنها امام صادق (ع) بود که با کنارهگیرى از سیاست و جنجالهاى سیاسى از آغاز امامت در نشر معارف اسلام و گسترش قوانین و احادیث راستین دین مبین و تبلیغ احکام و تعلیم و تربیت مسلمانان کمر همت بر میان بست.
زمان امام صادق (ع) در حقیقت عصر طلایى دانش و ترویج احکام و تربیت شاگردانى بود که هر یک مشعل نورانى علم را به گوشه و کنار بردند و در خودشناسى و خداشناسى مانند استاد بزرگ و امام بزرگوار خود در هدایت مردم کوشیدند.
در همین دوران درخشان - در برابر فلسفه یونان - کلام و حکمت اسلامى رشد کرد و فلاسفه و حکماى بزرگى در اسلام پرورش یافتند. همزمان با نهضت علمى و پیشرفت دانش بوسیله حضرت صادق (ع) در مدینه، منصور خلیفه عباسى که از راه کینه و حسد، به فکر ایجاد مکتب دیگرى افتاد که هم بتواند در برابر مکتب جعفرى استقلال علمى داشته باشد و هم مردم را سرگرم نماید و از خوشهچینى از محضر امام (ع) بازدارد.
به همین دلیل منصور مدرسهاى در محله «کرخ» بغداد تأسیس کرد. منصور در این مدرسه از وجود ابو حنیفه در مسائل فقهى استفاده نمود و کتب علمى و فلسفى را هم دستور داد از هند و یونان آوردند و ترجمه نمودند، و نیز مالک را -که رئیس فرقه مالکى است- بر مسند فقه نشاند، ولى این مکتبها نتوانستند وظیفه ارشاد خود را چنانکه باید انجام دهند.
امام صادق (ع) مسائل فقهى و علمى و کلامى را که پراکنده بود، به صورت منظم درآورد، و در هر رشته از علوم و فنون شاگردان زیادى تربیت فرمود که باعث گسترش معارف اسلامى در جهان شد. دانشگسترى امام (ع) در رشتههاى مختلف فقه، فلسفه و کلام، علوم طبیعى و... آغاز شد. فقه جعفرى همان فقه محمدى یا دستورهاى دینى است که از سوى خدا به پیغمبر بزرگوارش از طریق قرآن و وحى رسیده است.
بر خلاف سایر فرقهها که بر مبناى عقیده و رأى و نظر خود مطالبى را کم یا زیاد مىکردند، فقه جعفرى توضیح و بیان همان اصول و فروعى بود که در مکتب اسلام از آغاز مطرح بوده است. ابوحنیفه رئیس فرقه حنفى درباره امام صادق (ع) گفت: من فقیهتر از جعفرالصادق کسى را ندیدهام و نمىشناسم. فتواى بزرگترین فقیه جهان تسنن شیخ محمد شلتوت رئیس دانشگاه الازهر مصر که با کمال صراحت عمل به فقه جعفرى را مانند مذاهب دیگر اهل سنت جایز دانست - در روزگار ما - خود اعترافى است بر استوارى فقه جعفرى و حتى برترى آن بر مذاهب دیگر. و اینها نتیجه کار و عمل آن روز امام صادق(ع) است.
در رشته فلسفه و حکمت حضرت صادق (ع) همیشه با اصحاب و حتى کسانى که از دین و اعتقاد به خدا دور بودند مناظراتى داشته است. نمونهاى از بیانات امام (ع) که در اثبات وجود خداوند حکیم است، به یکى از شاگردان و اصحاب خود به نام «مفضل بن عمر» فرمود که در کتابى به نام «توحید مفضل» هم اکنون در دست است.
مناظرات امام صادق (ع) با طبیب هندى که موضوع کتاب «اهلیلجه» است نیز نکات حکمتآموز بسیارى دارد که گوشهاى از دریاى بیکران علم امام صادق (ع) است. براى شناسایى استاد معمولا دو راه داریم، یکى شناختن آثار و کلمات او، دوم شناختن شاگردان و تربیتشدگان مکتبش است.
حضرت صادق (ع) بر اثر توطئههاى منصور عباسى در سال 148 هجرى مسموم و در قبرستان بقیع در مدینه مدفون شد. عمر شریفش در این هنگام 65 سال بود. به دلیل اینکه عمر بیشترى نصیب ایشان شده است به «شیخ الائمه» نام گرفته است.